波の上宮は浮島であった旧那覇の、四町の一つ西町の海岸線に付き出した、巨大な琉球石灰岩の上に建てられた。 旧那覇の住民らに「なんみんさん」と呼ばれ、同境内の護国寺とともに信仰を集めた。 　琉球八社中の総鎮守であり、旧中山の察度王時代に、社が建立されたが、それ以前からの御願所であり、石灰岩洞穴は風葬に用いられていた。 1633年に消失したが再建され、1945年の米軍空襲で灰燼に帰した。戦後の1953年に再建されている。 　琉球のグスク(城)は戦闘用ではあるが、聖所としての位置づけもあり、その多くは御願所/拝所を利用して建造されている。 波の上宮も海の防御要塞として、「端グスク」とも呼ばれていた。
今でこそ周辺部は埋め立てられ、那覇市内唯一の波の上ビーチも、目の前には2本の海中高架道路に遮られ、目も当てられない姿に変貌しているが、 波の上宮は幸いにして海側道路より高く、東シナ海の眺望は確保されている。
壺屋のシーサー陶工が献納した、シーサーならぬ狛犬が本殿の左右にある
残念ながら本殿の左右通路が、閉鎖されていて海側の断崖絶壁には行けず、素晴らしいであろう眺望は拝めない。